Einer der Nachteile des WooCommerce-Shopsystems besteht in der starken Fokussierung auf den amerikanischen . Ohne das externe Plug-in „Germanized“ drohen auf dem deutschen Markt Konflikte mit Rechtsgrundlagen, wie beispielsweise der DSGVO. Das System ist schlichtweg nicht auf den deutschen Markt ausgelegt und erfüllt deshalb nicht von Haus aus alle rechtlichen Anforderungen der EU oder Deutschlands. Das führt zu einem größeren Aufwand hinsichtlich des rechtskonformen Betriebs des Online-Shops. Immerhin liegt die Verantwortung für die Einhaltung von Datenschutz- und anderen Vorgaben stets beim Shopbetreiber, der dementsprechend die Rechtssicherheit der Plug-ins überprüfen muss.
Will man wegen Fragestellungen die WooCommerce-Community kontaktieren, gibt es zudem auf deutscher Sprache weit weniger Beiträge. Für Nicht-Englisch-Affine kann das zum Problem werden. Es fehlt ein professioneller Support, man ist also auf die Beiträge der Community angewiesen, wenn man Hilfe braucht
Des Weiteren werden die bereits erwähnten kostenpflichtigen externen WooCommerce Plug-ins mit zunehmender Größe des Shops immer relevanter. Sie müssen zum Beispiel installiert werden, um Schnittstellen zu anderer Software herzustellen, etwa, wenn man bestimmte Bezahldienste verwenden möchte. Die Nutzung von WordPress ist dabei natürlich mit eingeschlossen. Für jemanden, der seine Webseite nicht mit WordPress erstellen will, also sicherlich ein Nachteil.